В Каршинском государственном университете в настоящее время проходят обучение 292 магистранта, по 25 специальностям (98 на первом курсе и 194 на втором). Профессорско-преподавательский состав, обладающий значительным научным потенциалом по специальностям отделения магистратуры, активно руководит научными исследованиями и защитами магистерских диссертаций.
С 2024-2025 учебного года представлены 3 новые специальности магистратуры: 70230104-Литературоведение: узбекская литература, 70230105 - Текстоведение и литературное источниковедение: узбекский язык, 70410102-Экономика.
В результате удаления четырех прошлых и добавления трех новых направлений, направления магистратуры Каршинского государственного университета в новом 2024-2025 учебном году состоят из следующих 24 направлений. Некоторые из них были переименованы и прошли обновленную нумерацию в соответствии с современными классификациями.
70230101-Лингвистика (узбекский язык)
70230101-Лингвистика (русский язык)
70230101-Лингвистика (английский)
70230101-Лингвистика (немецкий язык )
70230101-Лингвистика (французский язык)
70230104-Литературоведение: узбекская литература
70230105-Текстоведение и литературное источниковедение: (узбекский язык)
70540101-Математика
70530501-Физика
70540201-Прикладная математика
70610103-Информационные системы
70530101-Химия
70510101-Биология
70530201-География
70410102-Экономика
70411001-Управление человеческими ресурсами
71010101-Туризм и гостиничный бизнес
70510102-Микробиология
70810203-Почвоведение
70520202-Экология
70310301-Психология
70220301-История
70710413-Возобновляемые источники энергии
71010201-Спортивная деятельность: (легкая атлетика)